Pour réussir la mise en œuvre d'un logiciel de gestion de projet tel que Bonsai dans une start-up, il est essentiel de définir des objectifs clairs, de former correctement les membres de l'équipe, d'établir des protocoles de communication, d'examiner régulièrement les indicateurs de performance et d'adapter l'outil aux besoins spécifiques de l'environnement de la start-up.